ヘッダー・フッターと並べて言えば、これはページの上下の余白に入れるタイトルや日付などの文字列を意味します。たとえばヘッダーに章のタイトル、フッターにページ番号を入れたりというあれです。これらは頭のheadと足のfootから来ていることは直ぐに分かりますね。日本語ではヘッダーもフッターもあわせて柱(はしら)といいます。
ワープロで文書を作る場合には、ヘッダーかフッターを入れておくと後での整理にとても役立ちます。また、オフィスなどで共同プリンタを使っているときも、誰の出力かすぐに分かって便利です。
文書ではなく、ファイルの先頭部分に記述される情報もヘッダーということがあります。画像ファイル、音声ファイルなども、データの並びの前に記録形式やデータサイズがヘッダーとして記録されています。ただ、ファイルの場合フッターというのはあまり聞きません。そのような情報はデータを読み込む前に必要だからでしょう。
コンピュータに関係の無いところでは、ヘッダーはサッカーでヘディングをする人、フッターはイギリスの俗語でサッカーをする人という意味だそうです。 --- Y.O.